Як зазначає Фонд соціального страхування України в роз’ясненні, опублікованому на сайті, у паперових листках непрацездатності на бланку була наявна відмітка «первинний» або «продовження», однак в е-лікарняних така позначка відсутня, у зв’язку з чим періодично у роботодавців виникають проблемні ситуації з визначенням, який саме листок непрацездатності було видано.
В першу чергу, для визначення е-лікарняний є первинним чи продовженням, необхідно звернути увагу на те, що на підставі даних медичних висновків, які складають один випадок тимчасової непрацездатності, в порядку черговості формуються е-лікарняні, кожен наступний з яких створюється як продовження першого, та разом вони складають один страховий випадок. Тож, унікальний номер випадку непрацездатності для всіх е-лікарняних, сформованих в межах одного випадку, буде співпадати, при цьому номери самих е-лікарняних можуть відрізнятися, навіть якщо всі вони видані як продовження. Більше того, якщо в працівника декілька е-лікарняних, створених як продовження, всі вони матимуть однаковий унікальний номер – «номер випадку непрацездатності».
Якщо за номером випадку непрацездатності роботодавець не може встановити, який саме лікарняний видано, чи все ж таки залишаються сумніви під час вирішення цього питання, Фонд соціального страхування України рекомендує телефонувати на Гарячу лінію з питань користування особистими кабінетами на порталі електронних послуг Пенсійного фонду України або на Гарячу лінію щодо оплати е-лікарняних і подання за ними заяв-розрахунків.